Creo que has conectado el pupitre en la salida destinada a vias, por eso cuando conectas van y cuando cortas se paran, si utilizas el trafo de Ibertren hay una salida con un dibujo de locomotora que es el de circuito y el otro creo recordar que lleva un desvío, es ahí donde has de conectar las luces, aunque sea un mismo trafo toma la alimentación internamente antes del rectificado/regulador, dando de este modo 16V en alterna.

Primeramente he montado los cuatro circuitos, con los cuatro transformadores a la salida de vias(osea donde está la loco en relieve como dices),y no he conectado nada más.Las luces desvios y semaforos los he conectado a las tomas de al lado donde está en relive el desvio y es donde pongo el pupitre interruptor, en uno u otro transformador donde me corta la corriente de las vias cuando está apagado, como he dicho lo he probado en varios transformadores y el resultado es el mismo en todos , se paran las locomotoras .Yo no encuentro explicacion.